操作步骤:
⼀.胶染法(推荐⽅法,⽤法类似EB)
制胶时加⼊核酸染料(染料灵敏,每100mL 琼脂糖溶液中加⼊10μL Gelred 原装液即可)。 按常规⽅法电泳。
1. 实验室材料和试剂:
(1) 实验样品:质粒 DNA,DNA marker(尽管国产的 DNA marker 浓度较⾼,可正常量使⽤,⼀般 5uL。)
(2)TAE 缓冲液配置:50X TAE 电泳缓冲液[Tris 242g (2M),EDTA 37.2g(100mM),加醋酸约 57ml 调节 pH=8.5;定容 1000mL]; ⽤ ddH2O 稀释 50 倍配制 1X TAE 电泳缓冲液。
(3) TBE 缓冲液配置:10X TBE 电泳缓冲液[Tris 107.8146g (890mM),硼酸 55.0287g(890mM),EDTA 5.845g(20mM),加 NaOH 约 4g 调节 pH=8.3;定容 1000mL];⽤ ddH2O 稀释 10 倍配制 1X TBE 电泳缓冲液。
(4)溴酚蓝指示剂,1%的⻄班⽛琼脂糖凝胶
(5)仪器:电泳仪(130v),移液器(0.5~10ul),凝胶成像仪
2. 实验步骤:
(1) 制胶:将 0.5g 琼脂糖溶于 50mL 1X TAE 电泳缓冲液中,加热⾄琼脂糖完全融化。将融好的琼脂糖溶液室温放置 50℃左右 加⼊ 5ul 的 Gelred 凝胶电泳染料,摇匀。
(2)倒胶:将制好的琼脂糖凝胶缓慢倒于制胶托盘内,避免产⽣⽓泡。将点样梳⼦垂直置于电泳胶膜的⼀端,距离托盘底部约 1mm。 放置时尽量保持平稳,切勿晃动。
(3)置胶:待约 30 分钟左右胶体充分凝固后,缓慢垂直向上拔起点样梳⼦,切勿⽤⼒过猛。(夏季适当延⻓凝胶时间)
(4)将琼脂糖凝胶放⼊电泳槽内,加⼊电泳缓冲液,使电泳缓冲液液⾯⾼于凝胶⾯约 1~2mm。
(5)将混合溴酚蓝指示剂的 DNA 样本(1ul 溴酚蓝与 5ul DNA 标本混合)加⼊到点样孔内。
(6)盖上电泳槽盖,开启电源,使 DNA 从负极移向正极恒压电泳(电压恒定在 120~130v 之间,⼀般可选择 130V)。
(7)当 DNA 条带距离点样孔约 1~2cm 后关闭电源,(约 30~40 分钟)取出凝胶。
(8)⽤ 302nm 激发的 UV 凝胶成像系统观察结果。
*注:此⽅法染⾊染料⽤量相对较少。染料加⼊胶中可直接使⽤微波炉加热,制好的胶溶液可以在室温下保存直⾄⽤完。
电泳条件参考事项: 因为EB是插⼊DNA内部变成⼀个整体分⼦,所以不容易出现迁移/弥散的问题,尽管我们⼤分⼦的GelRed与DNA 是通过静电吸引⾮共价结合的,我们也完全克服了国外同类产品对⼤分⼦量DNA条弥散的问题!
1.尽管多数国产的 DNA marker 浓度较⾼,经测试我们的 Gelred 仍然适⽤,不需要像国外同类产品稀释 Marker ⼀倍后使⽤!
2. 更换电泳缓冲液,新配置的电泳液效果好! TBE 缓冲液⽐ TAE 效果好,因为含硼酸盐的试剂导电性能更好。
3. 电泳时电压不宜过⾼,⼀般不要超过 130V。
对DNA的迁移率和条带分离效果Gelred与EB相⽐,完全⼀样!但是EB会导致胶的整体背景稍微⾼些,经常出现阴 阳背景 (胶的背景⼀部分亮⼀部分暗),这个⽅法可以区分染料是否是EB配置的。
Gelred染料和样品混合后,点样到琼脂糖凝胶中,不推荐这种点样法。
由于Gelred具有良好的热稳定性,可以在热的琼脂糖溶液中直接添加,⽽不需要等待溶液冷却。摇晃,振荡或者翻转以保证 染料充分混匀。也可以选择将Gelred储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中,然后⽤微波炉或其他常⽤⽅式加热以制备琼脂糖 凝胶。Gelred兼容所有常⽤的电泳缓冲溶液。
如果总是看到条带弥散或分离不理想,为了避免染料可能对DNA迁移的⼲扰,建议使⽤电泳后染胶。使⽤泡染法染⾊以确认问 题是否与染料有关。如果染⾊后问题依旧存在,则说明问题与染料⽆关!
*此⽅法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶,对于聚丙烯酰胺凝胶请使⽤泡染法。
⼆.泡染法
(1)按照常规⽅法进⾏电泳。 ⽤于胶回收等⾼浓度DNA样品强烈推荐泡染法!
(2)⽤H2O将Gelred® 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl溶液中,制成3× 染⾊液。(例如将15μL Gelred® 10,000× 储液加⼊到50mL 0.1M NaCl溶液中)。
(3)将凝胶⼩⼼地放⼊合适的容器中,如聚丙烯容器中。缓慢加⼊⾜量的3× 染⾊液浸没凝胶。室温振荡染⾊30min左右,最佳染⾊时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同⽽略有不同。对于含3.5~10%丙烯酰胺的凝胶,染⾊时间通常介于30min到1h, 并随丙烯酰胺含量增加⽽延⻓。
(4)⽤ 302nm 激发的 UV 凝胶成像系统观察结果。
*注意事项:⽤泡染法染⾊时,染料⽤量较多。单次使⽤的染⾊液可重复使⽤3次左右;3× Gelred染⾊液可以⼤量制备,在室温下 避光保存直⾄⽤完。
三.核酸电泳的PAGE步骤:
1)将TBE制备的凝胶放⼊电泳槽中,⽤夹⼦夹住边缘。
2)⽤配置凝胶溶液同⼀批次的5×TBE灌满缓冲液槽。⽤注射器排除凝胶底部的⽓泡。
3)⽤注射器吸取1×TBE冲洗加样孔。将DNA样品和适量的6×凝胶上样缓冲液混合,⽤微量移液管加⼊加样孔。
4)将电极与电源相连(正极接下槽),打开电源⼀般90V;1~8V/cm。进⾏电泳9h。
5)电泳⾄标准参照染料迁移⾄所需位置(⼀般是电泳到⼆甲苯完全迁出,溴酚蓝距底边2~3cm停⽌)。关闭电源,拔掉插头,弃 去电泳槽中的电泳液。
6)将凝胶取下来放⼊,染⾊⽫中,加3X Gelred的1X缓冲液中的振荡染⾊30-60分,放置在紫外检测即可。
*注意事项:与琼酯糖凝胶不同,不能⽤预染或点染的⽅法;只能⽤泡染的⽅法显⾊,由于聚丙烯酰胺⽐较致密,染料不容易深⼊,显⾊效果没有琼酯糖凝胶好。
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